1週間前に手足口病で40.0°まで熱が出て救急にいきそのまま入院に…

ご相談ありがとうございます. 小児科の速水です. 長い入院, お子さんもお母さんも本当にお疲れ様でした. 今後のことも含めてご心配のことと思います.
以下の説明で少しでも状況を整理してご安心いただからばと思います.

お子さんの年齢は1-2歳くらいでしょうか？
もしくはもうすぐ1歳という年齢と推測して書いています.

小児科医から見ると【珍しいことが起きているわけではない】と感じます.

お母さんから見た病気と治療の流れは
手足口病→尿路感染→抗生剤投与→腎臓に水が溜まっている→血小板が高い
なのですが,

おそらく【本当の順番】は
元々腎臓に水（尿）が少し溜まりやすい構造があった→今回, 尿路感染症になる→抗生剤投与をする
です.
同時に
尿路感染により体全体に影響が出て, 一時的に骨で血液を作る機能（造血機能）が落ちた→回復したことで血液を作る機能も回復して血小板が上がった.
という流れです.

つまり手足口病と尿路感染は関係ありませんし, 抗生剤と血小板も関係ありません.

ちなみに元々腎臓に水（尿）が少し溜まりやすい構造があった, というのも調べたら【たまたまわかったレベル】で, 担当医の先生がおっしゃってる通り最も軽度の変化で, 治療が必要ではありませんし, 要注意の段階でもありません.

残念ですが予防したり, 早めに気がつくことは不可能だったと思います.

調べたらたまたまわかった, というように今回の尿路感染との関連もないかもしれません.
今後のお子さんの人生にも影響はないと考えていいと思いますし, 生活上の注意や配慮もありません. 定期的に超音波検査などのを行うくらいです.

ご質問にお答えします.
【血小板の上昇について】
→尿路感染から回復する中で骨で血液を作る機能が亢進して一時的に血小板が高くなる, という体の回復の影響だと思います. 病気ではないと思われます.

【予防接種について】
→通常通り受けてください. 2週間あいていれば問題ないと思います.

お子さんもお母さんも誰も悪くありません.
それでも大切なお子さんが病気になり, 入院すればお母さんの心はダメージを受けます.
お母さんの心も含めて病気のダメージから回復して, 元の笑顔をお子さんにもお母さんにも取り戻してほしいと小児科医として思います. きっとこんちゃんさんのお子さんもそう願っていると思います.

読んでいて分からないことがありましたら遠慮なく教えて下さいね.

質問したいことは
○血小板の値が高いのは、抗生剤の点滴によるもので一時的なものなのか
それとも、違う病気になっているのか

→炎症の過程で、白血球が増えようとするときに血小板も増減したりしますね、一番大事なのは本人の症状なのであまり特別な病気ではないかとは思います

○退院2週間後に予防接種を予定しているが、1ヶ月後の受診をした後、血小板の値が落ち着いていたらした方がいいのか

→そこまで気にしなくていいですね、打たれていいと思います。