3歳3ヶ月の男の子の母親です。夏頃に水いぼを背中に一つ見つけました…

こんにちは。

水いぼの治療法は様々な意見があり、定説がない状態と思います。何もせず様子を見るのも、放置しているわけではなく、一つの治療方法とされています。

目に入って問題ないとされる薬は、目に塗ることを想定して作られたごくわずかの薬に限られると思います。自費のクリームというのがどういうものか分かりませんが、受診されている医療機関で扱いがあるようなら、目の周囲に使用することも可能かどうかご相談されてみてもよいかと思います。

お子さんの水いぼについてですね。
数年単位ですが、時間がたつと自然におさまるので保存的にみることが小児科では多いですね。
皮膚科などでは、ちぎって刺激を与えることで早く治す処置を選ぶこともあります。1回で済むことはありませんので、何度か繰り返す必要があります。
基本的にはこの二択で他にできることはありません。ヨクイニンという漢方薬が効くとも言われていますが、劇的な効果はないと思います。